研究院下设智能农机及智慧农业开发平台（智能农机研究所、农业机器人研究所和智慧农业研究所）；摩托车、特种车辆及动力装备前沿技术研发平台（摩托车前沿技术研究所、特种车辆研究所、智能感知与控制研究所、先进动力系统研究所）；智慧农机及特种车辆试制-检测服务平台（智慧农机与特种车辆试制中心、智慧农机与特种车辆试验检测中心）三大研发平台。

以重庆宗申、建设新能源、嘉陵全域、万虎、力帆、隆鑫等行业重点企业为依托，汇集清华大学、重庆大学、西南大学、重庆交通大学、重庆邮电大学等高校创新团队，以重庆首批新型高端研发机构——重庆清研理工汽车智能技术研究院有限公司和相关研发及试验检测技术服务平台CTL、CTS、CTE为基础，采用由多家院所及企业机构共建共享的技术研发、产品开发、试验检测方式，建立开放型实验室，为社会企业提供研发和测试服务，同时吸引国内外高端人才，加快我国智慧农机、新型摩托车及特种动力装备产业关键技术研发，打造国际一流的智慧农机、新型摩托车及特种动力装备研发及试验检测制造业创新中心，推动行业技术进步。